A classificação biológica proposta por Whittaker permite distinguir cinco grandes linhas evolutivas utilizando, como critérios de classificação, a organização celular e o modo de nutrição. Woese e seus colaboradores, com base na comparação das sequências que codificam o RNA ribossômico dos seres vivos, estabeleceram relações de ancestralidade entre os grupos e concluíram que os procariontes do reino Monera não eram um grupo coeso do ponto de vista evolutivo.
Woese classificou os seres vivos em Domínios utilizando análise comparativa de RNA ribossômico (RNAr). Logo, por falar sobre “comparações de sequências que codificam”, a origem e relação evolutiva de sua classificação foi pautada nas relações filogenéticas.